分取超臨界流体クロマトグラフィーシステムでは、低粘度・高拡散性で、安価な超臨界二酸化炭素を主移動相として用います。二酸化炭素は常圧下では気化するため、蒸発乾固などの後工程が短縮され、トータルランニングコストを大幅に削減できます。
超臨界二酸化炭素専用のフラクションコレクターや、回収容器に取り付けて気液分離を行うサイクロンセパレーターを使用することで、安全且つ高純度・高効率に分取を行うことができます。また、検出器に質量分析計を用いることで、UV吸収を持たない物質のMSトリガーによる分取を行うことも可能です。