超臨界流体クロマトグラフ（SFC）システムでは、低粘度・高拡散性かつ安価で引火性のない超臨界二酸化炭素を主移動相として用います。そのためSFCは、有機溶媒を用いたHPLCと比較してカラム内での物質移動速度が速く、高流速でも高い分離効率で、短時間での分析が可能です。これまでは、特に光学活性物質の分離分析・分取精製に威力を発揮してきましたが、カラムの進化とモディファイアーの多様化により、アキラル成分や極性成分の分離も積極的に行われています。検出器は光学検出器の他、質量分析計（MS）も接続でき、測定の幅が広がります。また、カラムの代わりにサンプルを装填した抽出容器を接続すると超臨界流体抽出（SFE）が可能になり、切換バルブ等を利用して抽出物をオンラインで分析できるSFE- SFCシステムの構築もできます。